رهبر معظم انقلاب در پی شهادت مظلومانه و جانسوز آیت‌الله شیخ نمر در درس خارج خود مواضعی شدید و محکم اتخاذ کردند که سایت khamenei.ir سخنان ایشان منتشر کرد که به شرح زیر است:
بدون تردید خون به ناحق ریخته‌ی این شهید مظلوم به سرعت اثر خواهد کرد و دست انتقام الهی گریبان سیاستمداران سعودی را خواهد گرفت.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای گفتند: این عالمِ مظلوم نه مردم را به حرکت مسلحانه تشویق می‌کرد و نه به صورت پنهانی اقدام به توطئه کرده بود، بلکه تنها کار او، انتقاد علنی و امر به معروف و نهی از منکرِ برخاسته از تعصب و غیرت دینی بود.
رهبر انقلاب، شهادت شیخ نمر و ریختن به ناحق خون او را خطای سیاسی دولت سعودی خواندند و افزودند: خداوند متعال از خون بی‌گناه نمی‌گذرد و خون به ناحق ریخته، بسیارسریع دامان سیاستمداران و مجریان این رژیم را خواهد گرفت.
ایشان با انتقاد شدید از سکوت مدعیان آزادی، دموکراسی و حقوق بشر و حمایت آنان از رژیم سعودی که خون بی‌گناه را تنها به خاطر انتقاد و اعتراض به زمین می‌ریزد، تأکید کردند: جهان اسلام و همه‌ی دنیا باید نسبت به این قضیه احساس مسئولیت کنند.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای آزار و شکنجه‌ی مردم بحرین توسط نظامیان سعودی و تخریب مساجد و خانه‌های آنان و همچنین بیش از ۱۰ ماه بمباران مردم یمن را نمونه‌های دیگری از جنایات رژیم سعودی خواندند و تأکید کردند: کسانی که صادقانه به سرنوشت بشریت و سرنوشت حقوق بشر و عدالت علاقه‌مند هستند، باید این قضایا را دنبال کنند و نباید نسبت به این وضعیت بی‌تفاوت باشند.
رهبر انقلاب همچنین افزودند: یقیناً شهید شیخ نمر مورد تفضل خداوند خواهد بود و بدون شک دست انتقام الهی گریبان ظالمانی را که به جان او تعدّی کردند خواهد گرفت و این همان چیزی است که مایه‌ی تسلّی است.
